肿瘤外科专业设置有：消化道肿瘤专业（胃癌组、大肠癌组、肝胆组），乳腺专业、头颈专业 、胸部肿瘤专业和妇瘤专业。其中胃癌专业组和乳腺癌专业组分别是北京市重点学科中主导科室。医疗上主要开展消化道肿瘤、乳腺肿瘤、胸部肿瘤、妇瘤、头颈部肿瘤的规范化手术治疗、辅助治疗和新辅助化疗、多学科协作的综合治疗和肿瘤的姑息治疗。强调协调规范化治疗和个体化治疗的关系是目前临床工作之重点。